Comment gérer la comptabilité d’une startup en 2026 ?

Vous venez de lancer votre business e-commerce et cherchez les meilleures solutions pour la comptabilité de votre startup ? Bien gérer vos finances n'est peut-être pas l'aspect le plus passionnant de votre activité, mais il s’agit d’un élément essentiel pour votre réussite à long terme.

En France, les entreprises sont tenues de respecter un certain nombre d'obligations légales en matière de comptabilité. Si celles-ci varient selon la forme juridique de l'entreprise (SARL, EURL, etc.), toutes les entreprises doivent tenir une comptabilité avec des pièces comptables pour justifier de leurs recettes et de leurs dépenses. Les entreprises doivent également procéder au dépôt annuel de leurs comptes auprès du greffe du tribunal de commerce de leur juridiction (sauf les micro-entreprises, qui ont des obligations comptables allégées).

Si la comptabilité est souvent vue comme une obligation lourde et coûteuse, elle représente pourtant un pilier stratégique de votre activité. De bonnes pratiques comptables vous aident à suivre comment votre entreprise gagne et dépense de l'argent, à calculer vos impôts avec précision et à déposer vos déclarations dans les temps. Comprendre vos finances vous permet de prendre des décisions plus intelligentes pour augmenter vos profits.

Alors, comment bien gérer la comptabilité de sa startup ?

Qu'est-ce que la comptabilité pour startup ?

La comptabilité pour startup implique le suivi, la mesure et l'organisation de vos finances d'entreprise. Ces activités incluent l'enregistrement des transactions, le rapprochement des relevés bancaires, la gestion de la paie et des stocks, ainsi que la gestion des impôts.

Avant toute chose, sachez que vous pouvez tout à fait gérer votre comptabilité par vous-même, avec un tableur comme Microsoft Excel ou Google Sheets. Néanmoins, la plupart des entreprises décident d'optimiser leur comptabilité en faisant appel à un expert-comptable et/ou à un logiciel de comptabilité.

Comment gérer la comptabilité de sa startup en 13 étapes ?

1. Ouvrir un compte bancaire professionnel
2. Construire votre score de crédit d'entreprise
3. Développer un système comptable
4. Suivre vos dépenses d'entreprise
5. Mettre en place un système de paie
6. Étudier les taxes à l'importation
7. Choisir vos méthodes de paiement
8. Mettre en place les procédures de TVA
9. Connaître vos obligations fiscales
10. Calculer vos marges brutes
11. Obtenir un financement d'entreprise
12. Trouver des partenaires comptables de qualité
13. Réviser périodiquement vos méthodes comptables

1. Ouvrir un compte bancaire professionnel

Un compte bancaire séparé pour votre entreprise protège vos actifs personnels en cas de faillite, de poursuites judiciaires ou d'audits. Avoir des dossiers financiers d'entreprise solides facilite également l'obtention de financement auprès de créanciers ou d'investisseurs.

Pour ouvrir un compte bancaire professionnel, vous aurez besoin :

• D’un nom commercial enregistré
• D’un certificat d’immatriculation ou d’un extrait Kbis
• Des licences commerciales appropriées
• De documents supplémentaires (vérifiez auprès de votre banque choisie)

Commencez par un compte courant, puis ajoutez des comptes d'épargne pour organiser votre flux de trésorerie et planifier vos impôts. Mettez de côté 25 % de vos revenus pour les impôts, les entreprises à revenus élevés peuvent avoir besoin d'économiser jusqu'à un tiers.

2. Construire votre score de crédit d'entreprise

En tant que nouveau propriétaire d'entreprise, obtenir une carte de crédit d'entreprise vous permet de construire un crédit dont vous aurez besoin pour un financement futur ou pour financer de grosses commandes. Si vous dirigez une société ou une SARL, vous devez utiliser une carte de crédit séparée pour maintenir vos finances personnelles et d'entreprise séparées.

3. Développer un système comptable

La comptabilité e-commerce vous aide à comprendre les progrès de votre entreprise en analysant les données de vos états financiers. Vous avez deux options principales pour gérer vos comptes :

1. Les gérer vous-même en utilisant un logiciel comme QuickBooks, Wave, ou une feuille de calcul
2. Travailler avec un comptable ou un expert-comptable (à temps plein ou en contrat)

Vous devrez également choisir entre deux méthodes comptables :

• Méthode de trésorerie : Enregistrer les revenus et les dépenses quand l'argent change de mains.
• Méthode d'engagement : Enregistrer les transactions quand elles se produisent, même avant que l'argent change de mains, ce qui nécessite de suivre les créances et les dettes.

4. Suivre vos dépenses d'entreprise

Le suivi des dépenses vous aide à surveiller la croissance de votre entreprise, à créer des états financiers, à suivre les déductions et à préparer des déclarations fiscales précises. Gardez des enregistrements détaillés pour ces cinq types de dépenses importantes :

1. Repas et divertissement : Lors de réunions d'affaires au restaurant, notez qui était présent et le but de la réunion sur le reçu.
2. Déplacements : Gardez les reçus pour documenter les activités commerciales lors des déplacements.
3. Utilisation de véhicule : Enregistrez quand et pourquoi vous avez utilisé votre véhicule dans le cadre professionnel.
4. Cadeaux : Si vous offrez des billets pour un événement, notez si vous y avez assisté.
5. Bureau à domicile : Vous pouvez déduire le pourcentage de votre maison utilisé dans le cadre professionnel.

5. Mettre en place un système de paie

Au fur et à mesure que votre boutique en ligne grandit, vous devrez éventuellement embaucher de l'aide extérieure. D'abord, déterminez s'il faut embaucher des employés ou des contractants indépendants.

Pour les employés :

• Créez un calendrier de paie.
• Configurez la retenue d'impôt.
• Envisagez d'utiliser un logiciel ou des services de paie (de nombreux outils comptables offrent cette fonctionnalité).

Pour les entrepreneurs indépendants :

• Suivez attentivement les paiements.
• Conservez leurs coordonnées pour les formulaires fiscaux.

6. Étudier les taxes à l'importation

Si vous importez des produits ou vendez à l'international, vous devrez gérer les taxes et les frais de douane, un élément particulièrement important pour les entreprises de dropshipping. Utilisez Shopify Markets pour :

• Estimer les frais d'importation
• Calculer les frais de douane lors du paiement
• Créer une trace écrite pour les douanes
• Aider les clients à éviter les frais imprévus

7. Choisir vos méthodes de paiement

Au fur et à mesure que les commandes arrivent, vous aurez besoin de moyens fiables pour être payé. Comparez les structures de frais des processeurs de paiement :

• Pourcentage plus frais fixe (typiquement 2,9 % + 30¢ par transaction)
• Frais de transaction fixes
• Abonnement mensuel pour transactions illimitées

Avec Shopify Payments, vous pouvez accepter les paiements en ligne ou vendre en personne via Shopify PDV. Proposez des paiements sans contact, via des portefeuilles numériques et même des versements sans intérêt avec Shop Pay. Toutes les données sont disponibles dans votre tableau de bord Shopify pour faciliter la comptabilité.

8. Mettre en place les procédures de TVA

Les règles de TVA diffèrent pour les ventes en ligne et en personne. Alors que les magasins physiques facturent la taxe basée sur leur localisation, les boutiques en ligne doivent prendre en compte la localisation de leurs clients.

La vente à des clients internationaux peut être plus simple que la fiscalité nationale, mais les règles varient selon les régions. Discutez avec votre comptable des réglementations spécifiques à votre région.

9. Connaître vos obligations fiscales

Vos obligations fiscales dépendent de votre structure d'entreprise. Si vous êtes travailleur indépendant via une entreprise individuelle, SARL ou société de personnes, vous déclarerez les revenus d'entreprise sur votre déclaration fiscale personnelle.

Les sociétés déclarent leurs impôts séparément de leurs propriétaires, car elles sont considérées comme des entités fiscales distinctes. Travailler avec un expert-comptable peut vous faire gagner du temps et de l'argent à long terme, surtout si vous n'êtes pas sûr de vos obligations fiscales.

10. Calculer vos marges brutes

Votre marge brute montre combien d'argent vous gardez après avoir payé les coûts directs pour produire votre produit ou service. Cette métrique clé vous aide à comprendre si votre entreprise peut se maintenir.

Pour trouver votre pourcentage de marge brute, soustrayez votre coût des marchandises vendues (COGS) de votre chiffre d'affaires, puis divisez par le chiffre d'affaires.

Marge brute (%) = (chiffre d'affaires - COGS) / chiffre d'affaires

💡Conseil de pro : utilisez notre calculateur de marge bénéficiaire gratuit pour obtenir rapidement ces chiffres.

11. Obtenir un financement d'entreprise

Faire croître votre entreprise nécessite souvent un financement supplémentaire. Vous pourriez avoir besoin de capital pour développer de nouveaux produits, acheter des stocks, ouvrir de nouveaux points de vente, embaucher du personnel ou gérer les changements saisonniers.

Avant de contracter un prêt, calculez votre retour sur investissement en comparant vos dépenses prévues, vos nouvelles recettes estimées et vos frais d'intérêt. Vous pouvez utiliser notre simulateur de prêt d’entreprise pour vous assurer que le financement sera bénéfique pour votre entreprise à long terme.

12. Trouver des partenaires comptables de qualité

Un planificateur financier qualifié peut vous aider à mieux gérer votre argent et planifier la croissance de votre entreprise. Vous pouvez faire appel aux professionnels suivants :

• Un expert-comptable certifié est essentiel si vous faites face à un audit
• Un comptable gère vos dossiers quotidiens, réconcilie les comptes, catégorise les dépenses
• Les professionnels fiscaux viennent sous deux formes : les préparateurs qui déposent vos déclarations fiscales et les planificateurs qui aident à réduire votre fardeau fiscal

13. Réviser périodiquement vos méthodes comptables

Vous pourriez commencer avec une simple feuille de calcul pour gérer vos comptes, mais vos besoins financiers grandiront avec votre entreprise. Au fur et à mesure que vous vous développez, tournez-vous vers des solutions plus avancées.

Réévaluez régulièrement le temps que vous consacrez à la comptabilité et ce que cela coûte à votre entreprise. La bonne solution peut vous faire gagner du temps et potentiellement réduire vos dépenses.

10 raisons de faire appel à un expert-comptable et/ou d'utiliser un logiciel de comptabilité

1. Gagner du temps
2. Réduire le risque d'erreurs
3. Trouver des réponses à ses questions
4. Disposer d'un tableau de bord
5. Garantir la conformité
6. Renforcer sa crédibilité
7. Obtenir des conseils
8. Avoir un partenaire
9. Limiter le risque de contrôle fiscal
10. Faire des économies

1. Gagner du temps

La comptabilité est un véritable métier, qui nécessite une certaine expertise. Si vous n'avez pas de connaissances comptables, vous risquez de passer beaucoup de temps à gérer votre comptabilité alors que vous pourriez consacrer ce temps à développer votre activité.

2. Réduire le risque d'erreurs

Si vous gérez votre comptabilité vous-même, vous pourriez faire des erreurs tant le sujet est complexe. Vous pourriez par exemple déduire une charge qui n'est pas déductible ou à l'inverse oublier de déduire une charge. Les erreurs peuvent par ailleurs être sanctionnées par une amende en cas de contrôle.

3. Trouver des réponses à ses questions

Les entrepreneurs débutants ont souvent beaucoup de questions administratives, comptables et fiscales.

Quel régime de TVA choisir ? Comment gérer les ventes à l'étranger, par exemple dans le cadre d'un site de e-commerce international ? Plutôt que de passer des heures à écumer le web, vous pourrez facilement trouver des réponses à vos questions auprès d'un expert-comptable.

4. Disposer d'un tableau de bord

Un expert-comptable et/ou un logiciel de comptabilité vous offrent une vision d'ensemble de votre entreprise, avec des tableaux de bord pour piloter votre activité. Vous pourrez ainsi mieux appréhender votre santé financière et les conditions de votre rentabilité.

5. Garantir la conformité

Un expert-comptable est un gage de conformité de vos comptes. Il engage sa responsabilité et certifie la sincérité et la bonne tenue de vos comptes, dans le respect des obligations légales.

6. Renforcer sa crédibilité

Si vous souhaitez attirer des investisseurs pour financer votre entreprise, vous devrez fournir un certain nombre de pièces comptables comme votre business plan, votre compte de résultat prévisionnel et vos bilans. Des bilans « fait maison » peuvent nuire à votre crédibilité. Par ailleurs, si vous êtes gérant d'une entreprise et souhaitez faire un emprunt à titre personnel, par exemple dans le cadre d'un projet immobilier, vous aurez également à produire les bilans de votre société.

7. Obtenir des conseils

Un expert-comptable pour startup ne se contente pas de faire votre comptabilité : il a aussi un rôle de conseiller. Il pourra émettre des recommandations pour optimiser votre fiscalité et gérer votre trésorerie. Il peut aussi vous conseiller sur certains aspects juridiques.

8. Avoir un partenaire

Avec un expert-comptable aux commandes de la comptabilité de votre startup, vous n'êtes pas seul. Vous disposez d'un véritable partenaire à votre écoute, sur lequel vous reposer. C'est un partenaire sur le long terme qui vous accompagne dans la croissance de votre entreprise.

9. Limiter le risque de contrôle fiscal

Gérer la comptabilité de sa startup en faisant appel à un expert-comptable peut aussi réduire le risque d'être confronté à un contrôle fiscal. L'administration tend à contrôler davantage les entreprises sans expert-comptable, dont les comptes ne sont pas certifiés.

10. Faire des économies

Un expert-comptable peut aussi vous aider à faire des économies, ce qui peut sembler contre-intuitif, car un expert-comptable et/ou un logiciel de comptabilité pour startup représentent un coût. Pourtant, vous pourriez de cette manière optimiser la comptabilité et la fiscalité de votre entreprise et ainsi réduire vos charges.

Les meilleurs logiciels de comptabilité pour startup

Il existe un grand nombre de logiciels pour tenir sa comptabilité. Si vous décidez de faire appel à un expert-comptable, vérifiez que celui-ci n'utilise déjà pas un logiciel. Certains experts-comptables ont des partenariats avec des éditeurs. Si ce n'est pas le cas, vous pouvez faire votre propre choix.

Un bon logiciel de comptabilité pour petites entreprises vous permet de suivre vos finances efficacement. Une fois connecté à vos comptes bancaires, il catégorise automatiquement les transactions et les affiche dans votre plan comptable. Vous pouvez vérifier les soldes, comprendre les revenus et les coûts, estimer les profits et planifier les impôts.

La majorité des logiciels de comptabilité pour startups fonctionnent sur un principe de forfait ou d'abonnement. Il existe également des approches hybrides, avec la possibilité de faire appel à un expert-comptable tout en gérant une partie de sa comptabilité via un logiciel. L'expert-comptable aura alors un rôle de vérification et de contrôle.

Lors du choix d'un logiciel de comptabilité, recherchez :

• Intégrations de plateforme avec votre plateforme e-commerce et outils tiers
• Rapports avancés pour les stocks et dépenses pour surveiller la santé financière
• Configuration de la TVA pour aider à la collecte et au paiement
• Support client fiable, incluant des options 24 h/24 et des ressources en libre-service

Vous trouverez dans l'App Store de Shopify de nombreuses options conviviales qui s'intègrent parfaitement à votre boutique. Voici 3 logiciels de comptabilité à considérer pour la comptabilité de votre startup :

1. Pennylane

Pennylane est une plateforme tout-en-un de gestion financière et comptable qui promet de gagner 3 jours par mois sur sa comptabilité. Cette solution en ligne est particulièrement adaptée aux startups et aux entreprises e-commerce.

Ses principales fonctionnalités sont les suivantes :

• Suivi des recettes et des dépenses avec la synchronisation bancaire
• Facturation de vos clients
• Gestion des justificatifs et des notes de frais

Tarification :

• Le forfait basique pour les entreprises coûte 29 € HT par mois

2. Shine

Shine est une néo-banque, qui facilite la comptabilité des startups et des petites entreprises. Lorsque vous disposez d'un compte bancaire professionnel Shine, vous pouvez facilement gérer votre comptabilité depuis l'application mobile.

Les fonctionnalités incluent :

• La facturation
• La numérisation des justificatifs
• La gestion de la TVA
• La réconciliation automatique de certaines transactions
• Les exports automatisés

Tarification :

• Shine propose différents forfaits pour un compte bancaire professionnel, à partir de 7,90 € par mois

3. Quickbooks

Quickbooks est un logiciel de comptabilité SaaS (Software-as-a-Service en anglais, c'est-à-dire logiciel en tant que service) pour automatiser son traitement comptable. C'est un full logiciel comptable, avec un grand nombre de fonctionnalités :

• Gestion des ventes
• Gestion des dépenses
• Déclarations de TVA
• Connexion au compte bancaire,
• Trésorerie et prévisionnel
• Rapports comptables et tableaux de bord

Tarification :

• Le forfait Simple Start coûte 10 € HT par mois

Autres options populaires

Xero

Xero est un système comptable basé sur le cloud conçu pour les startups en croissance. Vous pouvez vous connecter avec des conseillers de confiance et obtenir une visibilité sur votre santé financière depuis n'importe quel appareil.

Avantages :

• Gestion des stocks et inventaire
• Prix abordable
• Se connecte aux principales banques
• Rapports faciles à consulter et personnalisables
• Base de données de contacts et segmentation
• Paie
• Application mobile
• Rapprochement bancaire

Wave

Wave est une solution comptable basée sur le web construite pour les startups. Liez vos comptes bancaires, comptes PayPal et autres sources de données pour voir les transactions en temps réel.

Avantages :

• Abordable
• Frais de traitement de carte de crédit compétitifs
• Comptabilité gratuite et scan de reçus
• Aucune limite de transaction ou de facturation
• Nombre illimité d'utilisateurs
• Application mobile

FreshBooks

FreshBooks est un logiciel de comptabilité et de gestion de factures basé sur le cloud qui gère la gestion des dépenses, la comptabilité de base et la tenue de livres de base pour les startups.

Avantages :

• Facile à utiliser
• Prix simple
• Factures personnalisables
• Support détaillé en libre-service

Pour plus d'options de logiciels de comptabilité pour startup et d'applications de gestion comptable, découvrez notre analyse des meilleurs logiciels de comptabilité en 2025.

Quels critères prendre en compte avant de faire son choix ?

Avant de choisir un logiciel de comptabilité pour startup, nous vous conseillons de vérifier les paramètres suivants :

• Les fonctionnalités : pouvez-vous gérer l'ensemble de votre comptabilité au sein du logiciel, de vos factures à vos notes de frais en passant par vos déclarations de TVA ? La synchronisation bancaire est-elle possible ? Pouvez-vous créer des règles de qualification automatique ?

• Les tableaux de bord : le logiciel de comptabilité vous donne-t-il un aperçu complet de votre entreprise ? Permet-il d'avoir une vision en temps réel de votre chiffre d'affaires, de votre résultat et de votre trésorerie ?

• La flexibilité : le logiciel est-il adapté aux contraintes de votre entreprise ? Est-il possible de personnaliser certains paramètres ?

• La facilité d'utilisation : la prise en main est-elle simple ? Pouvez-vous qualifier vos opérations en quelques clics ou le processus est-il fastidieux ?

• La formation : l'éditeur propose-t-il une formation pour apprendre à utiliser son logiciel ? Existe-t-il des ressources comme des tutoriels et des FAQ ?

• Les options d'assistance : est-il possible de contacter un service client en cas de difficultés ? Pourrez-vous obtenir rapidement des réponses à vos questions ?

• Le coût : le tarif est-il compétitif ?

Le meilleur logiciel de comptabilité pour votre startup dépendra aussi de la complexité de votre activité. Si vous avez quelques clients seulement et éditez un petit nombre de factures par mois, vous pouvez vous diriger vers une solution simple. Si votre activité est plus complexe, vous aurez peut-être besoin d'une solution plus sophistiquée.

Maîtrisez vos chiffres pour développer votre entreprise

Prendre le contrôle des finances de votre entreprise dès le départ vous prépare au succès. Du choix de la bonne carte de crédit d'entreprise au calcul du chiffre d'affaires par produit, chaque décision financière façonne l'avenir de votre entreprise. Prendre le temps de comprendre la banque, la gestion des transactions et la collecte de fonds aide à construire une base solide pour la croissance.